Die Geschichte der lutherischen deutschen Einwohner in Moskau geht bis ins 16. Jahrhundert zurück. Ihr erster bekannter Pfarrer war ab 1575 Joachim Scultetus. Herzog Magnus von Livland hatte ihn zuvor als Hofprediger angestellt.

Um 1570 amtierte Scultetus in Nowgorod und ab 1575 fungierte er als erster angestellter Pastor der Gemeinde in Moskau und Umgebung. Zu seinem Wirkungskreis gehörte auch die Betreuung der Gläubigen in der Stadt Kasan, über 800 km von Moskau entfernt in östlicher Richtung an der Wolga gelegen.

In den Jahren 1694-1695 erhielt Moskau eine zweite Kirche für die deutschen Lutheraner in der damaligen Neuen Gemeinde, die im Jahr 1626 begründet wurde. Die Kirche hieß zunächst wie die Gemeinde Neue Kirche und wurde auf den Namen St. Peter und Paul geweiht. Seit dieser Zeit trug die St.-Michaelis-Gemeinde auch den Beinamen Alte Gemeinde.

Im Jahr 1898 bekam die Michaeliskirche vom deutschen Orgelbauer Wilhelm Sauer eine Orgel mit 33 Registern. Mit der Machtübernahme der Bolschewiki und dem gesellschaftlichen Wandel hatten die evangelischen Christen besonders stark zu leiden. Ihre Kirchengebäude wurden zweckentfremdet oder gar abgerissen. So wurde auch die Michaeliskirche 1928 geschlossen und zwei Jahre später dem Erdboden gleichgemacht.

Michaeliskirche in Moskau vor 1928.

Die Sauer-Orgel überlebte und wurde in das staatliche Krematorium umgesetzt. Dort tat sie von 1928–1996 ihren Dienst. Nach der Perestroika erhielten die Kirchgemeinden schrittweise bestehende Kirchengebäude und deren Inventar zurück.

Dank des amtierenden Pastors der St. Peter und Paul Kirche gelang es, die Sauer-Orgel in seine Gemeinde zu überführen. Nach aufwendigen Restaurierungsarbeiten konnte sie zum 100. Kirchjubiläum im Jahr 2005 wiedereingeweiht werden.